Berdasarkan Peraturan Bupati Nomor 73 Tahun 2021, berikut adalah susunan organisasi Dinas Perikanan :
a. Kepala Dinas;
b. Sekretaris, membawahi:
1. Sub Bagian Perencanaan dan Evaluasi;
2. Sub Bagian Keuangan;
3. Sub Bagian Umum dan Kepegawaian.
c. Bidang Perikanan Budidaya, membawahi kelompok jabatan fungsional;
d. Bidang Perikanan Tangkap, membawahi kelompok jabatan fungsional;
e. Bidang Pemberdayaan dan Pengawasan Sumber Daya Perikanan, membawahi kelompok jabatan fungsional;
f. Bidang Pengolahan dan Pemasaran Hasil Perikanan, membawahi kelompok kelompok jabatan fungsional;
g. Unit Pelaksana Teknis Dinas;
h. Kelompok Jabatan Fungsional.
